En fødevareintolerance er en ikke-allergisk fødevareoverfølsomhed. Det vil sige, at når man indtager en fødevare, man ikke tåler, sker der ikke en allergisk reaktion i kroppen. Reaktionen kan derfor ikke måles ved hjælp af en allergitest. Som regel er symptomerne ved den fødevareintolerance mildere og kommer senere end ved fødevareallergi. Ofte skal man også spise mere af fødevaren, før der opstår symptomer. Eksempler på fødevareintolerancer er overfølsomhed overfor tilsætningsstoffer, laktose og fruktose. Behandlingen går ud på at undgå de fødevarer, man ikke tåler.